يكون لكل جامعة مجلس امناء يكلف رئيسه ونائبه واعضاؤه -فيما عدا رئيس الجامعة- بامر من رئيس مجلس الوزراء -بناء على ترشيح رئيس مجلس شؤون الجامعات- لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة، ويكون رئيس مجلس الامناء مسؤولا امام رئيس مجلس شؤون الجامعات فيما يختص به مجلس الامناء طبقا للنظام.