تتكون الهيئة من الادارات التالية : ا - ادارة الشؤون القانونية والدراسات والبحوث : وتكون مهماتها تقديم الاستشارات الشرعية والنظامية المقارنة، فيما يتعلق بمسائل حقوق الانسان، وما يحيله اليها مجلس الهيئة او رئيسها، وكذلك الاسهام في اعداد تقارير المملكة الدورية المترتبة على انضمامها الى الصكوك الدولية لحقوق الانسان، واعداد الرد على الدعاوى في مسائل حقوق الانسان او اقامتها. ب - ادارة المنظمات والعلاقات الدولية : وتكون مهماتها التنسيق مع المنظمات الدولية المختصة بمسائل حقوق الانسان، الحكومية، وغير الحكومية، والمؤسسات المعنية بذلك، ومتابعة قضايا السعوديين الذين تتعرض حقوقهم للانتهاك خارج المملكة. ج - ادارة تلقي الشكاوى : وتكون مهماتها استقبال الشكاوى، من الافراد والمؤسسات والمنظمات وغيرها، في مسائل حقوق الانسان، والتحقق من صحتها، وذلك تمهيدا لاحالتها الى الادارة المعنية في الهيئة. د - ادارة المتابعة والتحقيق : وتكون مهماتها متابعة اي شكوى حتى الوصول الى حلها، وزيارة السجون ودور التوقيف، وفق ما يقدره مجلس الهيئة في هذا الخصوص دون اذن من جهة الاختصاص، والتحقيق فيما يتطلب التحقيق فيه من مخالفات في مسائل حقوق الانسان، ورفع النتائج الى مجلس الهيئة. ه - ادارة العلاقات العامة : وتكون مهماتها التنسيق بين الادارات المعنية في الهيئة، وما يحيله اليها مجلس الهيئة او رئيسها من طلبات في هذا الشان، ومتابعة ما ينشر في وسائل الاعلام المختلفة فيما يتعلق بحقوق الانسان، والاسهام في الترتيبات عند اقامة المؤتمرات والندوات ذات العلاقة. و - ادارة الشؤون المالية والادارية : وتكون مهماتها متابعة شؤون منسوبي الهيئة، وما يتعلق بميزانيتها، وممتلكاتها، وما يكفل تسيير عملها.