تتكون موارد الهيئة المالية مما ياتي: ا- ما يخصص لها في الميزانية العامة للدولة. ب- المقابل الذي تتقاضاه نظير الخدمات والاعمال التي تقدمها. ج- ما يقبله المجلس من هبات واعانات وتبرعات ومنح ووصايا واوقاف. د- الموارد الاخرى التي يقرها المجلس بما لا يخالف الانظمة والتعليمات. تودع اموال الهيئة في حساب جاري وزارة المالية في البنك المركزي السعودي. تفتح الهيئة حسابا لها في البنك المركزي السعودي، ولها فتح حسابات اخرى في اي من البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة، ويصرف من هذه الحسابات وفق ميزانية الهيئة.