تودع اموال الهيئة في حساب مفتوح لها في مؤسسة النقد العربي السعودي ، ويتم الصرف منها وفق ميزانية الهيئة المعتمدة وتؤول الاموال الفائضة عن حاجة الهيئة خلال السنة المالية – باستثناء ما تحتاجه لتمويل مشاريعها المستقبلية المقرة في ميزانيتها السنوية والتزاماتها النظامية – الى الخزينة العامة للدولة لحساب جاري وزارة المالية والاقتصادي الوطني .