تكون للهيئة ميزانية سنوية مستقلة ضمن ميزانية الدولة، ويحول الفائض من الموارد المالية التي تتقاضاها الهيئة الى وزارة المالية بعد اقتطاع جميع النفقات الجارية ونفقات راس المال وغيرها من المصروفات التي تحتاج اليها الهيئة. وتحتفظ الهيئة باحتياطي عام يعادل ضعف اجمالي نفقاتها المبينة في ميزانيتها السنوية السابقة. تعديلات المادة المادة الحادية عشرة - حذف عبارة "وتحتفظ الهيئة باحتياطي عام يعادل ضعف اجمالي نفقاتها المبينة في ميزانيتها السنوية السابقة"، الواردة في عجز هذه المادة، وذلك بموجب قرار مجلس الوزراء رقم (97) وتاريخ 1441/2/2ه.