تتكون موارد المركز المالية من الاتي: ا- ما يخصص له في الميزانية العامة للدولة. ب- المقابل المالي الذي يتقاضاه المركز نظير التراخيص والتصاريح وما يقدمه من اعمال وخدمات. ج- الهبات والتبرعات والمنح والوصايا والاوقاف التي يقبلها المجلس. د- اي مورد اخر يقره المجلس بما لا يخالف الانظمة والتعليمات. تودع جميع ايرادات المركز في حساب جاري وزارة المالية لدى البنك المركزي السعودي. يفتح المركز حسابا له في البنك المركزي السعودي، وله فتح حسابات اخرى في اي من البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة، ويصرف من هذه الحسابات من ميزانية المركز المعتمدة وفق لوائحه المالية والادارية.