يكون للهيئة امانة عامة تتولى تصريف شئونها برئاسة امين عام يعين لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد لمرة واحدة فقط، ويتولى القيام بما يلي: 1 - اعداد الاستراتيجيات اللازمة لتحقيق اهداف الهيئة وتنفيذها بعد اعتمادها. 2 - اعداد الخطط طويلة المدى والسنوية لنشاطات الهيئة في ضوء الاهداف الاستراتيجية المعتمدة لها ومتابعة تنفيذها بعد اعتمادها. 3 - اعداد مشروع الموازنة السنوية للهيئة ومتابعة تنفيذها بعد اعتمادها. 4 - الاشراف على اعداد اللوائح الفنية والمواصفات القياسية واجراءات تقويم المطابقة الخليجية وبالتعاون والتنسيق مع اجهزة التقييس للدول الاعضاء. 5 - اعداد مشاريع الانظمة واللوائح والادلة الفنية للهيئة والادارية والمالية للامانة العامة والاشراف على تنفيذها بعد اعتمادها. 6 - التنسيق مع اجهزة التقييس لدول المجلس بخصوص انتداب الخبراء والفنيين العاملين فيها للمشاركة في انجاز نشاطات الهيئة. 7 - تعيين موظفي الهيئة واعتماد كافة قرارات شئون الموظفين في الهيئة وفق لائحة سياسات واجراءات شئون الموظفين المعتمدة. 8 - اقتراح رؤساء واعضاء اللجان الفنية المختصة بانشطة التقييس وفقا للترشيحات التي ترد اليه من الدول الاعضاء. 9 - تمثيل الهيئة لدى الغير. 10 - التحضير لاجتماعات مجلس الادارة والمجلس الفني، واعداد جداول اعمالهما. 11 - اعداد التقارير الدورية عن نشاطات وانجازات الهيئة والمشكلات والصعوبات التي تعوق مسيرتها وتقديم التوصيات الكفيلة بتطويرها. 12 - تنفيذ المهام التي يكلف بها والصلاحيات التي تسند اليه من قبل مجلس الادارة والمجلس الفني .