يكون في الهيئة وحدات متخصصة، يكون من بينها الوحدات الرئيسة الاتية: وحدة حماية النزاهة وتعزيز الشفافية. وحدة مكافحة الفساد. وحدة الرقابة والتحقيق الاداري. وحدة التحريات الادارية. وحدة التحقيق والادعاء الجنائي. وحدة التعاون الدولي.