تتكون اموال المؤسسة من: ا ) منشات تحلية المياه المالحة والاراضي التي تقوم عليها في انحاء المملكة، وسائر الاموال الثابتة والمنقولة والمخصصة للتحلية والعائدة لوزارة الزراعة والمياه وقت نفاذ هذا النظام، واية اموال اخرى قد تحولها الدولة لملكية المؤسسة. ب ) الدخل الذي تحققه المؤسسة من ممارسة النشاط الذي يدخل ضمن اغراضها. ج ) الهبات والاعانات والمنح والوصايا. د ) الموارد الاخرى التي يقرر مجلس الادارة اضافتها الى اموال المؤسسة.