تكون للهيئة ميزانية سنوية مستقلة من مواردها المالية، واحتياطي عام يعادل ضعف اجمالي نفقاتها المبينة في ميزانيتها السنوية السابقة؛ تودع في حساب الهيئة بعد توريد جميع الايرادات الى حساب جاري وزارة المالية في البنك المركزي السعودي. السنة المالية للهيئة هي السنة المالية للدولة.