تكون للهيئة ميزانية سنوية مستقلة من مواردها المالية، تقدم الى وزارة المالية وتعتمد وفقا للاجراءات النظامية المتبعة، ويحول الفائض من مواردها المالية الى وزارة المالية، بعد اقتطاع جميع النفقات الجارية والراسمالية وغيرها من المصروفات التي تحتاج اليها الهيئة. وتحتفظ الهيئة باحتياطي عام لا يقل عن ضعف اجمالي نفقاتها المبينة في ميزانياتها السنوية السابقة، وفقا لما يحدده المجلس في بداية السنة المالية. السنة المالية للهيئة هي السنة المالية للدولة.