تودع اموال المركز في حساب جاري وزارة المالية في البنك المركزي السعودي. يفتح المركز حسابا له في البنك المركزي السعودي. وله فتح حسابات اخرى في اي من البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة، ويصرف من هذه الحسابات وفق ميزانيته المعتمدة.