يشكل في كل ميناء مجلس استشاري يتالف من ممثلين من الادارات الحكومية العاملة في الميناء، بالاضافة الى ممثل من كل من وكلاء الشحن البحري والغرفة التجارية والصناعية في المدينة او المحافظة التي يقع فيها الميناء، ومن كل من ترى الهيئة ان له علاقة مباشرة باعمال الميناء. ويحدد الرئيس مهمات المجالس الاستشارية وصلاحياتها.