تكون للمركز ميزانية سنوية كبرنامج تشغيل ذاتي ضمن ميزانية وزارة الصحة. وتتكون ايرادات المركز مما ياتي : 1 - الاعتمادات التي تخصص له في ميزانية الدولة . 2 - الدخول التي يحققها من ممارسة النشاطات التي تدخل ضمن اختصاصاته . 3- الهبات والمنح والوصايا والاعانات الاخرى التي يقبلها.