مع مراعاة ما للمجلس وما للوزير من صلاحيات، تتمتع المدن الطبية والمستشفيات التخصصية بالاستقلال وفقا لما ياتي : 1 - يكون لكل مدينة طبية ومستشفى تخصصي ميزانية تشغيلية سنوية خاصة ضمن ميزانية الوزارة. 2 - تتكون موارد كل مدينة طبية ومستشفى تخصصي مما ياتي: ا - الاعتمادات التي تخصص لها في ميزانية الدولة. ب - الهبات والاعانات والمنح والوصايا والاوقاف التي يقبلها كل منها وفقا للقواعد التي يضعها المجلس. ج - موارد علاج من ليس لهم اهلية علاج بناء على الضوابط المنظمة لاهلية العلاج وفقا للانظمة واللوائح المنظمة لذلك. د - ريع املاك كل مدينة طبية او مستشفى تخصصي، ان وجدت. ه - اي مورد اخر يقرر المجلس اضافته.