تودع اموال المؤسسة في حساب جاري وزارة المالية في البنك المركزي السعودي. تفتح المؤسسة حسابا لها في البنك المركزي السعودي، ولها فتح حسابات اخرى في اي من البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة، ويصرف من هذه الحسابات وفق ميزانية المؤسسة ولوائحها المالية المعتمدة.