يهدف هذا النظام الى : التوصل الى مستويات مقبولة للتخلص من مختلف انواع مياه الصرف الصحي في شبكة الصرف الصحي العامة، اضافة الى تحقيق مستويات امنة لاعادة استخدام مياه الصرف الصحي المعالجة في مجالات الري الزراعي وري الحدائق العامة والاماكن الترويحية، وتغذية المياه الجوفية مستقبلا وفي التبريد والاغراض الصناعية واية استخدامات اخرى، وذلك لتامين درجة كافية من حماية الصحة من الاثار الضارة الناجمة عن التلوث وانتقال الامراض من خلال التحكم في نوعية مياه الصرف الصحي المعالجة، وتنظيم مراقبة محطات معالجة مياه الصرف الصحي، اضافة الى ضمان الاستفادة القصوى من المياه المعالجة باعتبارها احد المصادر غير التقليدية للمياه بما يتفق مع المعايير القياسية الموضحة في هذا النظام ولوائحه التنفيذية.