الرئاسة العامة لهيئة الامر بالمعروف والنهي عن المنكر جهاز مستقل، ترتبط تنظيميا برئيس مجلس الوزراء، ويشار اليها في هذا التنظيم ب(الهيئة)، وتتبعها جميع الهيئات الفرعية للامر بالمعروف والنهي عن المنكر.